Obwohl das Herz jeder religiösen Gemeinde die Kirche ist, spielten bei den Zisterziensern die Gärten eine ähnlich wichtige Rolle. Sie alle hatten in erster Linie rein zweckgebundene Funktionen. Die der unnötigen Dekorativität gegenüber negativ eingestellten Mönche bevorzugten Bescheidenheit und Einfachheit und errichteten keine reinen Ziergärten. Die Zisterzienser-Gärten sollten gemäß ihrer Grundregel – dank der Arbeit ihrer eigenen Hände autark zu bleiben, alle Bedürfnisse der Gemeinde befriedigen. So stellten sie ein gesamtes Gartenprogramm zur Verfügung, das aus einem kleinen Garten mit Brunnen, einem Gemüsegarten (Küchengarten), Kräutergarten (Krankenhausgarten) und Friedhof sowie einem sich außerhalb der Abteimauern befindlichen Obstgärten, Weingarten und anderen Kulturen, bis zur Zucht von Karpfen in künstlich angelegten Teichen, dar. Gleichzeitig bedeutete die tiefe Symbolik all dieser Gärten und der Gartenarbeit, dass ihre nützlichen Funktionen immer eng mit kontemplativen verbunden waren. Unter dem Einfluss der Mystik des hl. Bernards wurden sie zum Spiegelbild der göttlichen Ordnung, indem sie folgsam seinen Gesetzen im ständigen Wechsel der Jahreszeiten erlagen. Eine weitere mittelalterliche Mystikerin, die hl. Hildegard schrieb: „Die ganze Schöpfung ist des Gottes Garten“. Mit einer solchen Perspektive wurde die Arbeit an ihnen, die Fürsorge um das Wachstum der Pflanzen, zu einer Teilhabe am göttlichen Schöpfungsprozess und brachte die Mönche dem Gott näher. Die Gartenarbeit war nicht nur dem Gebet förderlich, sondern sie selbst war auch eine Gebetskontemplation, die eine der Grundformen der Umsetzung des Aufrufs aus der Regel des hl. Benedikts – Ora et labora – „bete und arbeite“ verkörperte.
Der wichtigste Zisterziensergärten war der nahe Klostergarten, der als Kreuzgarten bezeichnet war. Ein solcher Garten lag immer im Innenhof, der durch vier Gebäude umgeben war – eine Kirche (in Polen am häufigsten auf der nördlichen Seite, so wie in Pelplin) und drei ursprünglich einstöckigen Flügeln des Klosters. Ein Viereck von Gebäuden war durch Kreuzgänge verbunden, die um das Viridarium angelegt waren, d.h. lange Korridore, die sich mit Spitzbogenfenstern zum Innengarten hin öffneten. Anfangs einfach mit Gras bedeckt, war er ein Ort, an dem oft ein Brunnen gelegen war, der manchmal durch eine Fontäne ersetzt wurde. Vier senkrechte Wege führten dorthin und bildeten so vier Kreuzarme, von dem auch der Name dieses Gartens abgeleitet wurde. Seine Symbolik ist klar – der innere geschlossene Raum, der durch die Mauern der Gebäude, die durch die Mauern der Abtei geschützt sind, fast zart geschützt ist, ist natürlich der heilige Raum des Paradieses, der vor dem Menschen verborgen ist, wobei die Quelle des Lebens im Zentrum liegt, und die vier Wege, die von ihm abweichen, die vier Paradiesflüsse, die aus dieser Quelle fließen, sind.
Die ihn umgebenden Kreuzgänge waren auch symbolisch wie der Kreuzgarten und bildeten viel mehr als nur einen Durchgang. Zu den täglichen Praktiken der Mönche und ihren spirituellen Übungen gehörte es, um das nahe Paradies zu kreisen. Das Wandern in diesen fast identischen Korridoren, in denen sich an jeder Ecke die gleiche Sicht wieder öffnet, ähnelt einem endlosen Irren in einem Labyrinth, in dem der Drang zunimmt, den richtigen Weg weiterzugehen – den spirituellen und den Lebensweg. Es ist hier charakteristisch, „auf dem Weg“ zur Perfektion zu bleiben – zur Heiligkeit und Erlösung, die durch den Klostergarten symbolisiert werden. Er wies die Ordensleute auf die Essenz eines kontemplativen Lebens hin und formte gleichzeitig einen Geist der Demut in ihnen. Es erinnerte sie an ihre Verstrickung in einem Labyrinth aus Unvollkommenheit, Gebrechlichkeit und Sünde, das einen unvollkommenen Menschen daran hinderte, sein Ziel in diesem sterblichen Leben zu erreichen. Gleichzeitig bestätigte die Übung, die immer wieder wiederholt wurde, die Beharrlichkeit und den Vorwärtsdrang der Mönche, die beiden heimtückischsten Feinden des Mönchs, Stolz und Entmutigung, zu besiegen.
Die Reinheit der Symmetrie des Kreuzgartens an sich war faszinierend – die Geometrie der Rasenfelder, geschnitten mit Pfadlinien, die die kosmische Ordnung darstellen und die Herrlichkeit ihres Schöpfers widerspiegeln. Mit der Zeit kamen erst die ursprüngliche geistige Strenge und die daraus resultierenden ästhetischen Einsparungen hinzu, die zu immer raffinierteren Pflanzenzusammensetzungen führten. Im Laufe der Jahrhunderte wurde die tägliche Praxis des Kreisens um den Klostegarten aufgegeben.
Der zweitwichtigste und wahrscheinlich als erster wurde der Gemüse- oder Küchengarten gegründet. Die grauen Mönche waren Vegetarier und ihre Grundnahrungsmittel verdankten sie diesem Garten. Er befand sich am häufigsten in unmittelbarer Nähe der Küche und des Refektoriums (Esszimmer), gewöhnlich im Flügel gegenüber der Kirche, d. h. am weitesten davon entfernt (in Pelplin – der Südflügel). Bohnen, Erbsen, Kohl, Salat, Gurken, Zwiebeln und Knoblauch wurden in gleichmäßigen, symmetrischen Reihen von Blumenbeeten angebaut – fast alles, was die Klosterdiät ausmachte. Sie wurden um Obst- und Weingärten ergänzt, die direkt außerhalb der Klostermauern angelegt wurden, und entwickelten sich im Laufe der Annahme von neuen Brüdern, insbesondere Laienbrüdern, die Konversen genannt wurden. Obwohl sie in einem Kloster verweilten, legten sie anstatt der Klostergelübde nur ein Gehorsam-, Keuschheits- und Armutversprechen ab. Sie dienten der Gemeinde durch ihre handwerklichen Kenntnisse und übten Tätigkeiten aus, die ihren Berufen entsprachen (z. B. Gärtner, Schuster, Sanitäter oder Maurer). In Anbetracht des Umfangs der Landzuschüsse, die die Abtei von den pommerschen Fürsten erhielt, mussten die Arbeiten, die mit der Landwirtschaft und der Viehzucht verbunden waren, hauptsächlich von ihnen ausgeführt werden. Ähnliches galt für Wasserprojekte, die den Flussstrom regulieren, wodurch künstliche Teiche für die Karpfenzucht geschaffen wurden – wie dieser, der sich im bischöflichen Pelplin-Garten befindet.
Ein weiterer Zisterziensergarten war der Kräutergarten, der sich in der Nähe des Krankenhauses befand und daher Krankenhaus genannt wurde. Er versorgte die Gemeinschaft mit pflanzlichen Arzneimitteln, die für die medizinische Grundversorgung notwendig sind. Zu den Kräutern wurden im Mittelalter nicht nur Salbei, Wermut, Minze, Rainfarn oder Katzenminze, sondern auch einige Gemüsesorten wie Lauch, Sellerie, Radieschen und Fenchel gezählt. Der Kräutergarten war außerordentlich wichtig, da die Zisterzienser wie üblich die Regel des hl. Benediktus befolgten, die lautet: „Diene ihnen, als ob sie Jesus Christus selbst wären“. Deshalb war das Krankenhaus eines der ersten Gebäude, die von grauen Mönchen errichtet wurden. Das erste Krankenhaus wurde in Pelplin in einem Gebäude, das ursprünglich als Dormitorium (Schlafzimmer) für die Konversen genutzt wurde und sich neben einer für sie bestimmten kleinen Kirche und dem Rest der weltlichen Kirche „hinter den Mauern“ befand (heute die Fronleichnam-Kirche). Es ist derzeit das älteste zivile Gebäude von Pelplin und dient heute als Kaminzimmer für Pfarrversammlungen.
Der letzte Punkt des ursprünglichen mittelalterlichen Programms der Zisterziensergärten war der Friedhof. Am meisten überwuchert, war es ein Ort der Besinnung und des Nachdenkens – sowohl über die Vergänglichkeit und Kurzzeit des menschlichen Lebens als auch über die Kontinuität und Beständigkeit des Zisterzienserordens, seines Weges, seiner Bemühungen und Leistungen. Die Brüder wurden in bescheidenen und gleichen Erdgräbern beigesetzt, deren einzige Dekoration ein einfaches Kreuz war. Das Kreuz war auch der Mittelpunkt des Friedhofsgartens und bezog sich in diesem Zusammenhang auf den Paradiesbaum des Lebens und symbolisierte umso deutlicher das Geheimnis des Opfers und der Erlösung, die Gewissheit des Todes und das Versprechen der Auferstehung. Das Geheimnis des Todes, das das Leben bringt.