Choć sercem każdego zgromadzenia zakonnego jest jego świątynia, w przypadku cystersów niemal równie ważną rolę odgrywały jego ogrody. Wszystkie posiadały w pierwszym rzędzie funkcje ściśle użytkowe – niechętni zbędnej dekoracyjności, preferujący skromność i prostotę mnisi nie zakładali bowiem ogrodów czysto ozdobnych. Te cysterskie miały zaspokoić wszystkie potrzeby wspólnoty, zgodnie z ich podstawową regułą – pozostawania samowystarczalnymi dzięki pracy własnych rąk. Tworzyły więc cały program ogrodowy, na który składały się wirydarz ze studnią, ogród warzywny (kuchenny), ogród ziołowy (szpitalny) oraz cmentarz, a także znajdujące się już poza murami opactwa, lecz stanowiące kontynuację ogrodu warzywnego, sady, winnice i inne uprawy – aż po hodowlę karpi w sztucznie utworzonych stawach. Zarazem głęboki symbolizm wszystkich tych ogrodów jak i samej w nich pracy sprawiał, że ich funkcje użytkowe zawsze głęboko łączyły się z kontemplacyjnymi. Pod wpływem mistyki św. Bernarda stały się odbiciem boskiego porządku, posłusznie ulegając jego prawom w nieustannej przemienności pór roku. Inna średniowieczna mistyczka, św. Hildegarda, pisała: „Całe Stworzenie jest Ogrodem boskim”. Przy takiej perspektywie praca w nich, troskliwy udział przy wzroście roślin, stawała się współuczestnictwem w boskim procesie stwórczym, zbliżając do Boga samego. Nie tylko sprzyjała, ale i sama była modlitwą – kontemplacją, stanowiąc jedną z podstawowych form realizacji wezwania z Reguły św. Benedykta – Ora et labora – „módl się i pracuj”.
Najważniejszym spośród cysterskich ogrodów był wirydarz, zwany ogrodem krzyżowym. Był to wewnętrzny dziedziniec, utworzony przez cztery budynki – kościół (w Polsce najczęściej od strony północnej, tak jak i w Pelplinie) oraz trzy, pierwotnie parterowe, skrzydła klasztoru. Czworobok zabudowań połączony był biegnącymi wokół wirydarza krużgankami, czyli długimi korytarzami otwierającymi się ostrołukowymi oknami na wewnętrzny ogród. Początkowo porośnięty po prostu trawą, był miejscem usytuowania studni, niekiedy z czasem zastępowanej fontanną. Prowadziły do niej cztery prostopadłe ścieżki, tworząc w ten sposób cztery ramiona krzyża – skąd też wzięła się nazwa tego ogrodu. Jego symbolika jest czytelna – wewnętrzna przestrzeń zamknięta i niemal czule chroniona murami budynków, chronionych murami opactwa, to oczywiście święta przestrzeń ukrytego przed człowiekiem Raju ze źródłem życia w centrum, a rozchodzące się od niego cztery ścieżki, to wypływające z tego źródła cztery rajskie rzeki.
Podobnie symboliczne jak ogród krzyżowy były również otaczające go krużganki, stanowiąc coś znacznie więcej, niż tylko ciąg komunikacyjny. Do codziennych praktyk mnichów, ich ćwiczeń duchowych, należało bowiem krążenie nimi wokół wirydarza-Raju. Wędrówka tymi niemal identycznymi korytarzami, gdzie za każdym rogiem otwiera się ponownie ten sam widok, przypomina niekończące się błądzenie labiryntem, wzmagające potrzebę parcia wciąż do przodu, by odnaleźć właściwą drogę – duchową i życiową. Charakterystyczne jest tu pozostawanie wciąż „w drodze” do doskonałości – świętości i zbawienia symbolizowanych przez wirydarz. Zakonnikom wskazywało samą istotę kontemplacyjnego życia, zarazem formując w nich ducha pokory. Przypominało o ich uwikłaniu w labirynt niedoskonałości, ułomności, grzeszności uniemożliwiających osiągnięcie celu w tym, doczesnym życiu przez niedoskonałą istotę ludzką. Jednocześnie wciąż ponawiane ćwiczenie utwierdzało w nieustawaniu w wysiłkach i popychało wciąż do przodu, chroniąc od dwu najbardziej podstępnych wrogów każdego mnicha – pychy i zniechęcenia.
Urzekająca była sama czystość symetrii ogrodu krzyżowego – geometria pól trawnika przeciętego liniami ścieżek reprezentująca kosmiczny ład i oddająca chwałę jego Stwórcy. Z czasem dopiero, w miarę odchodzenia od swej pierwotnej surowości duchowej i wynikającej z niej oszczędności estetycznej, dodawano tu coraz wymyślniejsze kompozycje roślinne. Z upływem wieków porzucono również praktykę codziennego krążenia krużgankami wokół wirydarza.
Drugim najważniejszym, a zakładanym najpewniej jako pierwszy, był ogród warzywny, czyli kuchenny. Szarzy mnisi byli wegetarianami i to właśnie z niego pochodziło ich podstawowe wyżywienie. Znajdował się najczęściej w bezpośrednim sąsiedztwie kuchni i refektarza (jadalni), zwykle usytuowanych w skrzydle naprzeciw kościoła, czyli najodleglejszym od niego (w Pelplinie – skrzydło południowe). W równych, symetrycznych liniach grządek hodowano tu bób, groch, kapustę, sałatę, ogórki, cebulę, czy czosnek – prawie wszystko, co stanowiło klasztorną dietę. Ich kontynuacją były sady i winnice zakładane tuż za murami klauzury i rozwijane w miarę powiększania się konwentu o nowych braci, zwłaszcza braci świeckich, zwanych konwersami. Choć przebywali w klasztorze, zamiast ślubów składali jedynie obietnicę posłuszeństwa, czystości i ubóstwa; zgromadzeniu służyli swą rzemieślniczą wiedzą, wykonując prace zgodne ze swym zawodem (jak ogrodnik, szewc, medyk, czy murarz). W obliczu rozległości nadań ziemskich, jakie opactwo otrzymało od pomorskich książąt, to głównie na ich pracy oprzeć się musiały uprawa roli, czy hodowla bydła. Podobnie jak i wszelkie przedsięwzięcia wodne regulujące przepływ rzeki, dzięki którym powstały między innymi sztuczne stawy do hodowli karpi – takie jak ten, który znajduje się na terenie pelplińskich Ogrodów Biskupich.
Kolejnym z ogrodów cysterskich założeń był ogród ziołowy, zlokalizowany w pobliżu szpitalika i stąd zwany szpitalnym. Zapewniał wspólnocie oparte na ziołach leki, niezbędne do zapewnienia podstawowej opieki medycznej. Do ziół zaliczano w średniowieczu nie tylko powszechnie tu hodowane szałwię, piołun, miętę, wrotycz, czy kocimiętkę, ale też niektóre warzywa jak por, seler, rzodkiew, czy koper włoski. Ogród ziołowy był niezwykle istotny ze względu na wyjątkowe podejście cystersów do chorych, zaczerpnięte, jak zwykle, z Reguły św. Benedykta, która nakazuje: „posługujcie im tak, jakby byli samym Jezusem Chrystusem”. Dlatego szpital był jednym z pierwszych budynków jakie szarzy mnisi wznosili. W Pelplinie pierwszy urządzono w budynku pierwotnie służącym za dormitoria (sypialnie) konwersom i usytuowanym obok przeznaczonego dla nich i reszty świeckich niewielkiego kościółka „za murami” (dziś pw. Bożego Ciała). Jest to obecnie najstarszy cywilny budynek Pelplina, dziś służący jako sala kominkowa spotkań parafialnych.
Ostatnim z pierwotnego, średniowiecznego programu cysterskich ogrodów był cmentarz. Najbujniej porośnięty, był miejscem refleksji i zadumy – tak nad krótkotrwałością i ulotnością ludzkiego życia, jak nad ciągłością i trwałością cysterskiego zakonu, jego drogi, wysiłku i osiągnięć. Braci chowano w skromnych i jednakowych grobach ziemnych, których jedyną dekoracją był prosty krzyż. Krzyż stanowił również centralny punkt cmentarnego ogrodu, nawiązując w tym kontekście do rajskiego drzewa życia i tym czytelniej symbolizując misterium ofiary i odkupienia, pewności śmierci i obietnicy zmartwychwstania. Tajemnicy śmierci, która przynosi życie.